Hola como estas, tienes dos alternativas, la primera es versionar los directorios donde tienes cada proyecto con los ktr y kjb, en git por ejemplo y controlar las versiones asi, o puedes crear un repositorio pentaho que puede ser de dos tipos un repositorio de BD con mysq por ejemplo o un repositorio de directorios, estos te permitirán controlar mejor el tema de cada transformación y/o proyecto, investiga un poco mas acerca de los repositorios y como usarlos en pentaho data integration.